補助金の、よくある問い

「返済不要のお金だから税金もかからない」と思われがちですが、そうではありません。 補助金は収入として扱われ、その分だけ利益が増えるので、法人税や所得税がかかります。 税の種類ごとに整理すると、次のようになります。

いつの年度の収入にするかは、入金された日ではなく 交付決定の通知を受けた日で決まるのが原則です。決算をまたぐ場合、 入金前に課税されることがあるので、資金繰りの計画では注意してください。 補助金は精算払いが原則で、 入金は事業が終わってからです。「課税だけ先に来る」形は普通に起こります。

負担を和らげる仕組みは2つあります。どちらも免除ではなく先送りです。

• 法人…設備などの固定資産の取得に充てた補助金は、 圧縮記帳（法人税法42条・43条）で 課税を繰り延べられる場合があります。
• 個人事業主…同じ趣旨の「国庫補助金等の総収入金額不算入」 （所得税法42条・43条）があります。確定申告書への記載が要件です。

人件費や販路開拓費を補填する補助金のように、固定資産の取得を伴わないものは この繰り延べの対象にならず、受けた年度にそのまま課税されます。

消費税側の注意は別にあります。補助金で買ったものの消費税を 仕入税額控除で取り戻すと二重取りになるため、多くの国の補助金では 消費税等仕入控除税額の返還が定められています。 実績報告のあとに返還の報告を忘れる事故が多い箇所です。

個別の扱いは、交付決定通知と交付要綱を持って顧問税理士か所轄の税務署に ご確認ください。本サイトは税務の判断をしません。

根拠は法人税法42条・43条（個人事業主は所得税法42条・43条）です。 おおまかに、次の条件を満たすときに使えます。

• 国や地方公共団体などから受けた補助金であること
• その交付目的に合った固定資産の取得・改良に充てたこと
• 返還を要しないことが確定していること
• 確定申告書に必要な事項を記載すること

人件費や広告費を補填する補助金のように、固定資産の取得を伴わないものは 対象になりません。

「税金がかからなくなる制度」ではない点が、いちばん誤解されるところです。 先送りした分は、減価償却を通じて後から効いてきます。 適用できるかどうかは顧問税理士にご確認ください。

消費税は「モノやサービスの対価」にかかる税金です。補助金は何かを売った代金では ないので、受け取っても消費税はかかりません。

ただし、補助金を使って買ったものには当然に消費税がかかります。そして、 その消費税を仕入税額控除で取り戻すと、補助金と控除で二重に得をすることになります。 これを調整するのが 消費税等仕入控除税額の返還です。

たとえば110万円（うち消費税10万円）の設備を買い、補助率2分の1の補助金を受けたとします。 消費税10万円は確定申告で控除して戻ってくるのに、補助金もその分を含めて計算されていると、 同じ10万円を二重に受け取ることになります。

そのため国の交付要綱は、申請の時点で控除できる消費税相当額を減額し、 実績報告でも改めて報告・減額させる構造になっています。 「あとから返せと言われた」と感じるのは、この後半の手続きです。

なお、消費税法60条4項の「特定収入に係る仕入控除税額の調整」は、 国・地方公共団体・公益法人等が対象です。一般の事業会社には適用されません。 名前が似ているので混同されがちですが、別の話です。

収益納付は、補助事業から収益が生じたときに、補助金の全部または一部を 国に納めさせる仕組みです。事業化状況報告と組み合わせて運用されてきました。

近年の主要な制度では、この記載自体がなくなっています。 「儲けたら返す」を気にして事業を小さく見積もる必要はありません。

ただし、財産処分にともなう国庫納付は別に残ります。 補助金で買った設備を処分するときの扱いは こちらをご覧ください。

収益納付があるかどうかは制度と回次で変わります。 申請する回の公募要領で必ず確認してください。

流れは、おおむね次のとおりです。

1. 公募・申請
2. 採択の通知
3. 交付申請 → 交付決定
4. 補助事業の実施（ここで自社が支払う）
5. 実績報告・確定検査
6. 補助金額の確定 → 入金

つまり、設備代金を先に全額払える資金が要ります。 補助金をあてにして発注すると、入金までの数か月から1年をどう乗り切るかが問題になります。 金融機関に「補助金のつなぎ資金」として相談する事業者が多いのは、このためです。

ものづくり補助金の「補助事業の手引き」も、支払いは事業終了後に実績報告を受けて 補助金額を確定したあとの精算払いになる、と明記しています。

制度によっては概算払いが認められることがあります。 公募要領で確認してください。

補助金は「かかった費用の一部を後から補う」お金です。 補助率が2分の1なら、1,000万円の設備に対して補助は500万円で、 残りの500万円は自社で負担します。

もう一段、見落としやすいところがあります。 補助率をかける前に、対象になる経費が絞られることです。 対象外と判断された経費はそもそも計算の外に出るので、 最終的な入金額は思ったより小さくなることがあります。

さらに支払いは事業が終わってからの精算払いです。 入金の時期とあわせて、 まず全額を自社で払えるかを先に確かめてください。

補助率と上限額は制度と枠で違います。申請する回の公募要領で必ず確認してください。

自分で申請する事業者はたくさんいます。むしろ、事業計画は自社がいちばんよく分かって いるはずのものです。

専門家に頼む場合は、その人が何をしてくれるのかを確かめてください。

• 助言・添削…自分で書いたものを見てもらう。資格の有無を問わず受けられます
• 書類の作成…報酬を得てこれを行えるのは行政書士などに限られます。 「コンサルティング料」「会費」といった名目でも同じです

「丸投げできます」と言われたときは、相手が有資格者かどうかを確認してください。 成功報酬の割合が相場からかけ離れている場合も、いったん立ち止まるべきサインです。

ホジョログは申請書類の作成や代行を行いません。 このページも一般的な整理であって、個別の適法性を判断するものではありません。

ホジョログが掲載しているJグランツ由来の制度は、すべて事業者向け（法人・個人事業主） です。個人事業主だから使えない、ということはありません。

気をつけるのは、従業員数の下限です。「常時使用する従業員が1人以上」という 条件が付いていると、一人で事業をしている方は申請できません。 逆に小規模事業者向けの制度は、 規模が小さいほうに有利にできています。

開業届を出したばかりの場合や、これから開業する場合は 創業前の申請もあわせてご覧ください。

「まだ事業を始めていないが、補助金を使って始めたい」という相談はとても多いのですが、 一般の枠は決算書の提出を求めるものが多く、実績のない状態では申請が難しくなります。

そこで、創業者向けの枠を探すことになります。要件としてよく出てくるのが 特定創業支援等事業の支援を受けたことです。市区町村が窓口で、 商工会議所などのセミナーを受けると証明書が出ます。これには時間がかかるので、 創業を考えた時点で先に動いておくと選択肢が広がります。

自治体独自の創業支援制度もあります。 自治体から探すでお近くの制度を確認してください。

Jグランツで電子申請するにはGビズIDのプライムアカウントが 必要です。締切の直前に気づいて間に合わないというのが、いちばん多い失敗です。

いまはマイナンバーカードによるオンライン申請ができるので、以前より大幅に早くなりました。 とはいえ、書類郵送しか選べない状況もあります。 申請を考えた時点で、まずGビズIDを取ってしまうのが安全です。 アカウントは取得しておいて損はありません。

中小企業かどうかの判定では、資本金の額か従業員数のどちらかを満たせば 中小企業者に当たるのが原則です（業種ごとに基準が違います）。 詳しくは中小企業者をご覧ください。

迷いやすいのは次のあたりです。パート・アルバイトをどこまで含めるか、 役員兼従業員をどう扱うか、休職中の人を数えるか。 ここは公募要領と、その制度のFAQで確認してください。 数え方を間違えると、採択後に要件を満たしていないことが分かって取り消される恐れがあります。

形のうえでは中小企業でも、大企業の支配下にある会社は中小企業向けの支援から外す、 という考え方です。よく使われる類型は次のようなものです。

• 発行済株式または出資金額の2分の1以上を同一の大企業が所有している
• 3分の2以上を複数の大企業が所有している
• 大企業の役員・職員を兼ねる者が役員総数の2分の1以上を占める

ここでいう「大企業」の線引きや、投資育成会社・ベンチャーキャピタルの除外規定は 制度ごとに違います。親会社がある場合は、申請前に必ず公募要領の該当箇所を 読んでください。

「多く書くほど有利」ではありません。上限を超えると形式不備として減点や不受理に なる制度があります。まず公募要領でページ数の指定を確認してください。

枚数より、審査項目に答えているかどうかが効きます。公募要領には審査の観点が 書かれているので、その項目に一つずつ答える形で構成するのが確実です。

書き始める前に、相談の前に決めておく4つのような形で、 自社の現状と課題を数字で言えるようにしておくと早く進みます。

不採択のあとの再申請は、一般に妨げられません。 制限がかかるのは、むしろ採択された側です。 同じ補助金を毎回使い続けることは想定されていません。

この条件は制度ごとに違い、同じ制度でも回次で変わります。 補助金を前提にした設備投資を続けて計画するときは、 次に申請する回の公募要領で、自社が対象外に当たらないかを最初に見てください。 計画を作り込んでから気づくと、そこまでの手間がまるごと無駄になります。

別の制度と組み合わせたい場合は 複数の補助金を同時に使えますかもあわせてご覧ください。

ものづくり補助金の第23次締切の公募要領では、従業員1人あたりの給与支給総額を 年平均3.5%以上増やすこと、事業場内最低賃金を事業実施都道府県の最低賃金より 30円以上高い水準にすることが求められ、 達成できなかった場合は未達成率に応じて返還を求めるとされていました。

他の要件と決定的に違うのは、採択されたあと何年も効き続けることです。 設備が入って事業が終わっても、賃金の約束は残ります。 補助金の額だけを見て決めると、あとから人件費の負担が重くのしかかります。

申請前に見ておきたいのは次の点です。

• 約束する期間は何年か
• 基準になるのはどの時点の給与総額か
• 未達のときの返還はどう計算されるか
• 業績が悪化した場合の例外が用意されているか

返還の全体像は 補助金を返すことになるのはどんなときですかをご覧ください。

つまり、支援を頼んだ費用は採択されてもされなくても自社の持ち出しです。 「補助金が出たら、その中から払えばいい」という設計にはなっていません。

費用の水準は依頼先によって違います。着手金と成功報酬を組み合わせる形が 見られますが、金額も、不採択のときの扱いも、契約前に書面で確かめてください。

なお、補助事業そのものに必要な専門家の費用は、 「専門家経費」として対象になる制度があります。 申請を手伝ってもらう費用と、事業を進めるために専門家に払う費用は別物です。 どちらに当たるかは公募要領の経費区分で確認してください。

自分で申請できるかについては 補助金の申請は自分でできますかをご覧ください。

これが、補助金でいちばん多い失敗です。採択の連絡が来た時点で発注してしまい、 交付決定がまだだったために全額が対象外になる、 という事故が毎回起きています。

採択と交付決定は別のできごとです。採択のあとに交付申請を出し、 そこで内容と金額が正式に決まってはじめて交付決定です。動いてよいのはその後です。

以前は「事前着手承認」という例外を設ける制度がありましたが、 縮小・廃止が進んでいます（事業再構築補助金は第13回公募で廃止）。 いま使えるかどうかは、申請する回の公募要領で確認してください。

金額の基準も、必要な社数も、制度によって違います。同じ時期の制度でも異なるので、 「前に通ったときと同じ」で進めないでください。

見積もりを取り直すのは時間がかかります。基準金額を少しだけ超えていて 慌てる、というのがよくある展開なので、見積もりを依頼する前に公募要領の 該当箇所を読んでおくのが確実です。

中古品はさらに条件が厳しくなることがあります。 中古品は対象になりますかもご覧ください。

中古品は価格の妥当性を確かめにくいので、新品より厳しい手続きが求められます。 「安く済むから中古で」という判断が、かえって手間を増やすことがあります。

取り扱いは制度ごとにまったく違うので、 公募要領と「補助事業の手引き」を必ず確認してください。 手引きのほうに細かい条件が書かれていることが多いです。

考え方はおおむね共通しています。補助事業の期間に使った分だけが対象で、 期間の後まで続く契約の分は含められません。年払いの契約をした場合、 期間に応じて按分することになります。

ソフトウェアやSaaSは、この扱いが制度ごとに分かれるところです。 デジタル化・AI導入補助金のように ITツールの導入を主眼にした制度では、事務局に登録されたツールしか 対象にならない仕組みもあります。

補助事業期間がいつからいつまでかを 先に確かめてください。

自社の社員が動いた分を補助対象にすると、金額を客観的に確かめるのが難しくなります。 そのため、設備やツールを買う型の補助金では外されているのが普通です。

研究開発型やソフトウェア開発を伴う一部の制度では、人件費を計上できます。 その場合も、対象は補助事業に直接従事した時間の分に限られ、 単価の計算根拠や作業日報などの証憑が求められます。 あとから作れない書類なので、事業を始める前に記録の付け方を決めておいてください。

禁じられているのは同一事業・同一補助対象経費への重複です。 国が目的を定めて支出する補助金・助成金・委託費が対象で、 独立行政法人などが出すものも含まれます。

逆に言えば、事業と経費がはっきり分かれていれば複数の制度を使える場合があります。 たとえば設備投資は補助金A、人材育成は助成金B、というような組み合わせです。

国の補助金と自治体の補助金の併用は、自治体側の要綱で定めがあることが多いので、 両方を確認してください。判断に迷うときは、それぞれの事務局に問い合わせるのが いちばん確実です。

下限があるのは、補助金が「事業のやり方を変える投資」を支えるものだからです。 少額の備品をそろえるだけでは、その目的に届かないと見なされます。

同じ50万円という線は、別の場面でも出てきます。 ものづくり補助金では単価50万円（税抜）以上の発注に、原則として同一条件による 2社以上の相見積もりを求めています。 金額が上がるほど、そろえる書類も増えます。

下限の額も、どの経費区分にかかるのかも制度ごとに違います。 「一式」でまとめれば下限を超える、といった発想は通りません。 申請する回の公募要領で、経費区分ごとの条件を読んでください。

理由は、補助事業のためだけに使われたと確かめようがないからです。 事務用のパソコンは、補助事業が終わったあとも普通の業務に使えてしまいます。 そこに公費を入れることは想定されていません。

気をつけたいのは、機械に付いてくる制御用のパソコンや、 専用のソフトウェアが入った端末の扱いです。 設備と一体で、それがないと動かないものかどうかで判断が分かれます。 自己判断せず、見積もりの内訳を示して事務局に確認してください。

ITツールやソフトウェアの導入そのものを目的にした制度では、扱いが変わります。 目的から探すで、やりたいことに合う制度を先に選んでください。

設備の導入では、機械の代金だけでなく据え付けのための工事費が必ず出てきます。 ここが対象外だと、見込んでいた自己負担が一段重くなります。 見積もりを取る段階で、機械の代金と工事費を分けて出してもらってください。

一方で、建物費を対象に含める制度もあります。 「補助金では建物は買えない」と一括りにはできません。 やりたいことが建物側にあるなら、それを認める制度を先に探すほうが早道です。

工事は着工の時期にも注意が要ります。 交付決定の前に発注すると対象外になるため、 工期から逆算すると、そもそも間に合わないという事態が起こります。

補助金が実質的に自社グループの中を回るだけになるのを防ぐための決まりです。 価格が適正かどうかを外から確かめられない、という理由もあります。

問題になりやすいのは次のような場合です。

• 親会社・子会社から設備を買う
• 代表者が兼務している別会社に外注する
• 役員の親族が経営する会社に工事を頼む

身内の会社への発注を考えているなら、申請の前に事務局へ確認してください。 実績報告の段階で分かって認められなかった場合、その経費はまるごと自己負担になります。 相見積もりを取っていても、 相手が対象外なら結果は変わりません。

たとえばものづくり補助金の第23次締切は、申請締切が 「2026年5月8日（金）17：00」と時刻まで指定されていました。 このように締切は日付ではなく時刻で切られます。

電子申請は締切の直前にアクセスが集中します。当日に慌てて出そうとして、 入力の途中で締め切られるのがよくある失敗です。

また、電子申請にはGビズIDが必要で、 取得に日数がかかることがあります。 締切から逆算して、余裕を持って準備してください。

締切が近い制度は締切カレンダーでまとめて見られます。 カレンダーアプリに購読登録もできます。

多くの制度は複数回にわたって公募されるので、次の回に出し直せます。 再申請を不利に扱うという記載は、一般には見当たりません。 むしろ、過去に採択されたことがあるほうを制限する制度はあります。

問題は、不採択の理由が教えてもらえないことです。 そのため、審査項目に自分で照らし合わせて、書けていなかったところを埋める作業になります。

次の回の公募がいつかは、 季節から探すでおおよその傾向が分かります。 ただし次回の公募を約束するものではありません。

審査は非公開で行われ、点数も開示されません。「なぜ落ちたのか」を事務局に聞いても 答えは返ってこない、と考えておいてください。

できるのは、公募要領に書かれた審査項目を読み直して、自分で照らし合わせることです。 審査の観点は公開されているので、そこに答えていない箇所は自分で見つけられます。

加点項目を取りこぼしていないかも確認してください。認定支援機関の確認書や、 賃上げの表明、各種認定の取得などが加点になる制度があります。

採択と交付決定を同じものだと思って動いてしまうのが、 いちばん多い失敗です。

採択のあとに提出する交付申請では、経費の内訳が精査されます。 ここで対象外と判断された経費は落とされ、その分だけ金額が下がります。

さらに事業が終わったあとの確定検査でも、証憑が足りない経費は認められません。 最終的な入金額は申請額より少なくなることがあります。

Jグランツはデジタル庁が運営する補助金の電子申請システムです。 ホジョログが掲載しているデータも、ここが出どころです。

制度によっては、Jグランツではなく事務局が独自に用意した電子申請システムを 使うものもあります。この場合はGビズIDとは別にアカウントを作ることになります。

いずれにせよ、アカウントの準備は締切から逆算して早めに。 ここで間に合わなかった、という相談が毎回出ます。

根拠は「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」です。おおまかに次の構造です。

• 17条…他の用途への使用、交付決定の内容や条件・法令への違反があれば取消し
• 18条…取消しの際、すでに交付された分は期限を定めて返還を命じられる
• 19条…返還には年10.95%の加算金。納期限を過ぎれば同率の延滞金
• 29条…偽りその他不正の手段で受給した者は5年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金

悪意がなくても、報告を怠った、書類を保存していなかったといった理由で 問題になることがあります。補助事業に関する帳簿と証憑は、 交付要綱で定められた期間きちんと保存してください。

設備の型番が変わった、納期がずれた、見積先を変えたい。事業を進めていれば いくらでも起こることです。黙って進めるのがいちばんまずい対応で、 変更の承認手続きが用意されています。

手続きの名前や必要書類は制度ごとに違います。交付要綱と「補助事業の手引き」に 書かれているので、変更が起きそうだと分かった時点で読んでください。 事後の相談では認められないことがあります。

補助事業の期間そのものを延ばせるかどうかも、制度によります。

補助金で取得した財産には、一定期間の処分制限があります。 期間は財産の耐用年数などをもとに定められ、その間は自由に売れません。

「使わなくなったから処分したい」というときは、まず事務局に相談してください。 承認を得ずに処分すると、取消しと返還の対象になり得ます。

処分が認められた場合も、補助金額を限度として、残存簿価などに応じた金額の納付を 求められることがあります。設備を売った代金がそのまま手元に残るとは限りません。

審査されるのは「本当にその事業をやったのか」「本当にその金額を払ったのか」です。 そのため、1つの経費について、注文から支払いまでが一本の線でつながることが要ります。 どこか一枚が欠けると、その経費が認められません。

現金払いは避けてください。ものづくり補助金では支払いを 発注先への銀行振込の実績で確認するとされており、少額を現金やクレジットカードで払う場合は 事前に事務局へ相談することになっています。 また、相見積もりが必要な金額の経費で 見積書が1社分しかない、というのもよくある不備です。

証憑はあとから作れません。事業を始める前に、何を残すかを決めておいてください。 消費税の扱いについてはこちらもご覧ください。

補助金の金額は、次の三段階で削られる可能性があります。

1. 交付申請のとき…対象外の経費が落とされる
2. 事業の実施中…予定より安く買えた場合、その分だけ補助額も下がる
3. 確定検査のとき…証憑が足りない経費が認められない

逆に、予定より高くなっても補助額は増えません。上限は交付決定の額です。

したがって、入金額を当てにした資金計画は危険です。 入金の時期とあわせて、 自社の資金で回せる範囲かどうかを先に見てください。

探し方はいくつかあります。

• 締切から探す…いつまでに動くかが決まっているとき
• 自治体から探す…地域の制度を漏らさず見たいとき
• 目的から探す…やりたいことが決まっているとき
• 雇用関係の助成金…人を雇う・育てる・処遇を改善するとき
• 季節から探す…毎年この時期に出ていた制度を知りたいとき

制度の名前は年度をまたいで変わります。見つからないときは 通称・旧名から引くを試してください。

お近くのよろず支援拠点では、無料で相談できます。

ここでいう「終わる」は、契約して終わりではありません。 納品・検収・支払いまで、すべてが期間内に済んでいる必要があります。 支払いが期限をまたぐと、その経費は認められません。

期間の起点は交付決定です。採択の通知ではありません。 採択から交付決定までにも審査の時間がかかるので、 採択された時点で動き出せるわけではないことに注意してください。

納期の長い設備は、この期間が実質的な制約になります。 発注前に納品と据え付けが期限内に収まるかをメーカーに確認してください。 どうしても収まらないときの手続きは 途中で事業内容を変えられますかをご覧ください。

補助金は受け取って終わりではありません。 そのお金で何が起きたかを、数年にわたって報告し続けるところまでが制度です。 担当者が代わると引き継がれずに止まりがちなので、社内の予定に入れておいてください。

この期間には、ほかにも縛りが重なります。

• 報告した収益によっては収益納付を求められることがある
• 補助金で買った設備は勝手に売却・廃棄できない
• 賃上げを要件にした制度では、その約束もこの期間続く

報告を出さないままにすると、 補助金の返還につながることがあります。 証憑と同じで、あとからまとめて作れるものではありません。